Глубоководная бухта Ванина (названная в честь топографа И.К. Ванина) открыта в мае 1853 года. Освоение бухты началось лишь в 1939 году. Проявление интереса к дальневосточным землям со стороны государства было вызвано необходимостью решения таких стратегических задач как укрепление обороноспособности государства на восточных рубежах, открытие новых более коротких и выгодных путей для сообщения и снабжения, освоение и развитие богатейших полезными ископаемыми восточных и северо-восточных окраин России.

21 мая 1943 года Государственный Комитет Обороны СССР издал постановление о строительстве железнодорожной линии Комсомольск –- Советская Гавань и морского порта в бухте Ванина. До первого августа 1945 года необходимо было открыть движение на линии от Комсомольска до бухты Ванина на шесть пар поездов в сутки и построить в бухте три ряжевых морских причала.

Официальная дата основания порта —18 октября 1943 года. В этот день Дальневосточным морским пароходством утверждено штатное расписание портового пункта Ванино.

В апреле 1944 года был досрочно сдан в эксплуатацию первый пирс, 20 июля 1945 года из Комсомольска-на-Амуре в бухту Ванина прибыл первый поезд.

В конце 1949 года Совет Министров СССР постановил разработать генеральную схему развития порта в бухте Ванина, а в апреле 1950 года решением правительства порт Ванино выведен из системы Дальстроя МВД СССР и передан Министерству морского флота.

К 1951 году был утвержден генеральный план развития порта, и все последующие годы порт активно развивался: в 1957 году приступил к отгрузке леса на экспорт в Японию, в 1959 году начал переработку и отправку грузов в пакетах и контейнерах. В этом же году были организованы регулярные судоходные линии между портом Ванино и портами Сахалина и Японии, начались регулярные рейсы в порт Магадан.

В 1960 году порт перешел на круглогодичную работу с использованием ледоколов. В начале шестидесятых годов был завершен полный комплекс застройки северо-западной части порта и создан второй грузовой район. После чего началось освоение юго-восточной части бухты, строительство третьего погрузрайона, специализирующегося на переработке леса.

Большое значение для улучшения производственно-финансовой деятельности порта имело внедрение научной организации труда и управления. Были разработаны новые технологические схемы обработки грузов. По итогам всесоюзного конкурса на лучшую научную организацию труда коллектив предприятия был награжден памятным дипломом ВЦСПС. А в 1971 году за досрочное выполнение заданий восьмого пятилетнего плана и внедрение передовой технологии погрузочно-разгрузочных работ указом Президиума Верховного Совета СССР порт Ванино наградили орденом Трудового Красного Знамени.

В 1973 году вступила в работу железнодорожная паромная переправа Ванино — Холмск.

Весной 1974 года коллегия Министерства морского флота СССР отнесла порт Ванино к высшей категории. Он стал седьмым по значению портом Советского Союза.

В последующие годы порт активно наращивал грузооборот и в 1986 году, переработав 10 млн тонн грузов, стал первым среди портов Дальнего Востока.

Девяностые годы прошлого века стали тяжелым испытанием для порта. Было потеряно больше половины грузопотоков, в первую очередь за счет сокращения каботажных перевозок на Сахалин и Магадан. Общие потери грузов Дальневосточного Севера составили 6 млн. тонн.

В 1993 году предприятие преобразовано в акционерное общество открытого типа «Ванинский морской торговый порт».

В настоящее время годовой грузооборот АО «Порт Ванино» составляет 6,5 млн тонн.